Не закрывая глаза на окончание 1-й части, всё начинается как раз с момента поражения Кортекса, когда он падает на какой-то остров со своего космического корабля. Кортекс падает на остров ночью, так как на горизонте мрак, ночь, ничего не видно. чтобы узнать где он находится он зажигает спичку. Загоревшийся свет, дал Кортексу соблазнительную картинку Кристалла, который он намерен использовать для построения нового космического корабля. Спрланировав всё в момент, замыслы Кортекса передаются нам лишь одним... Жутким смехом Кортекса.
Через некоторое время, Кортекс, удачливо построивший космическую станцию, привлекая на свою сторону страшнейших врагов, проводит разговор с Dr. N Gin, который настаивает на поисках 25 кристаллов для подзарядки энергией космическую станцию.
Вот что говорят они друг другу: -Dr. Cortex, станция фунуционирует отлично, все системы работают стабильно, но для стабильной удержки энергосистемы вашего мастер кристалла не хватит. Вам необходимо найти ещё 25 оставшихся на планете кристаллов. - сказал Dr. N Gin
-Ты идиот! Думаешь я сам буду искать все эти кристаллы? Это глупо. Я пошлю своих солдат во все уголки мира и они принесут нам кристаллы а потом, я уничтожу Краша вместе с этой жалкой планеткой. - сказал Dr. Neo Cortex
После этого разговора всё становится понятно. А в это время Краш со своей милой сестрёнкой Коко отдыхают на жёлтом пляже острова N.Sanity. Вдруг Коко замечает что батареи её ноутбука на нуле и просит Краша найти новые.
В это время Кортекс собирается использовать башню света, чтобы быстро доставить своих солдат в разные уголки мира, для добычи кристаллов. Краш, бродя по башне в поисках батареи оказывается на 1-м уровне башне. В этот момент в центре комнаты загорается свет и появляется галаграмма Кортекса. Он желает взять Краша в свои руки для того чтобы быстро найти кристаллы. Краш при всей своей глупости соглашается и тут игра начинается.
Во время игры и разговоров Кортекса с Крашем, галаграмма Кортекса будет срываться, так как на связь будет пробиваться Коко в надежде убедить Краша что это ошибка. Также будет появляться галаграмма Dr. Nitrous Brio, который после предательства кортекса сообщает Крашу найти гемы для своей лазерной пушки которую он планирует использовать для уничтожения станции Кортекса, дабы спасти мир от зла. Таким образом вы можете закончить игру 2-мя способами:
1. Вы уничтожаете Кортекса, бросив его в космос и самим вернуться к отдыху
2. Вы собираете все гемы и Dr. Nitrous Brio уничтожает станцию кортекса. чтобы на вечно закрыть глаза на это зло.
