Игра начинается на космической станции Доктора Нео Кортекса. Ука-Ука, злобный брат Аку-Аку, собрал «злобный совет» — совет злодеев, среди которых Доктор Нео Гин, Доктор Нео Тропи, Тигр Тини, Дингодиль и, конечно, Доктор Нео Кортекс. Ука-Ука ругается на всех участников собрания, показывая график их злобности, точнее то, что уровень этой самой злости упал. Кортекс оправдывается, что он не виноват в этом, и доказывает, что в этом виноват, как всегда, Крэш Бандикут. Далее доктор Нео Гин, обращаясь к Ука-Ука, говорит, что Кортекс работал над неким секретным оружием. Кортекс подтверждает это и предлагает новый хитроумный план — он предлагает использовать маски четырех стихий природы — Земли, Воды, Огня и Воздуха и своё новое изобретение — злую копию Креша, но отнюдь не Fake Crash'а, а Кранча Бандикута (англ. Crunch Bandicoot). Ука-Ука утверждает этот план. Далее история продолжается в месте обитания Крэша. Все как обычно — солнце, море и безделье главных героев. Крэш катается на водных лыжах, Коко катается на своём водном мотоцикле, Аку-Аку и Пура (англ. Pura) загарают на солнце. Вдруг раздается непонятный звук, Аку-Аку вскакивает и восклицает: «Что случилось?». Затем он замечает проснувшийся вулкан. Сразу же ни с того ни с сего в небе (уже не над вулканом) появляется огромное чёрное облако. Его замечает и Коко, и спрашивает, конкретно ни к кому не обращаясь: «Что вообще происходит?». Она поворачивается в сторону Крэша и кричит тому: «Крэш, осторожно!». Крэш тоже оборачивается и видит огромную волну за собой. Волна сносит на берег Крэша и Коко и те те, судя по всему, какое-то время лежат без сознания. Позже Аку-Аку и спрашивает: «Все целы?». Удостоверившись в этом, он заявляет что скорее всего это новый план Ука-Ука.
Аку-Аку отправляется на космический остров, который известен по игре Crash Bash. Встретившись со своим злым близнецом он спрашивает: «Какой план ты задумал на этот раз?». Вместо ответа Ука-Ука смеётся жутким смехом и рядом с ним появляется четыре маски стихий. Аку-Аку заявляет, что Ука-Ука сошёл с ума. Пи-Ро, маска огня, приказывает уничтожить маску-лекаря. Но Аку-Аку успевает телепортироваться. Появившись в доме Крэша, он рассказывает о новом плане Кортекса и Ука-Ука. После рассказа Коко отводит всех в какую-то комнату напичканую аппаратурой. Она говорит, что это поможет в поиске кристаллов, которые, по заявлению Аку-Аку, смогут остановить маски.
Задача Крэша — остановить Кортекса, Ука-Ука и маски стихий, а также таинственного Кранча.
